Les modules sont dirigés par des professionnels et des experts dans leur domaine respectif. Les cours se déroulent de manière interactive et pratique. La pédagogie de l'école Lybre est innovante et implique activement les étudiants, qui sont encouragés à participer individuellement ou en groupe. Les étudiants sont confrontés à des situations fictives ou réelles pour résoudre des problèmes.
L'évaluation des compétences se fait à travers un contrôle continu, des études de cas par blocs, des dossiers individuels ou collectifs, ainsi que des soutenances orales devant un jury de professionnels. De plus, un rapport d'activité (pour la première année du Master) et un mémoire (pour la deuxième année) sont requis.
Pour les étudiants en situation de handicap, des aménagements sont possibles concernant les modalités d'évaluation.